非小细胞肺癌(NSCLC)是一种常见的恶性肿瘤,其预后很差。准确的预测预后可以更好地指导患者的风险分层和治疗决策,并可以优化结局。这项研究利用癌症基因组图谱(TCGA)中的临床和甲基化/表达数据,对早期NSCLC进行了全面评估,以确定可以预测生存率的甲基化标记。
纳入349例接受根治性手术的NSCLC患者,并将其进一步分为训练队列和验证队列。在训练队列中,根据单因素和多因素回归分析确定了4000个甲基化位点对预后有影响。进行KEGG通路分析以确定关键通路。进行层次聚类和WGCNA共表达分析对样本表型和分子亚型进行分类。
通过网络分析确定了中心 5'-C-磷酸-G-3'(CpG)位点,然后进一步用于构建预后标记。在验证队列中进一步验证了预后模型的预测能力。在聚类分析的基础上,确定了6种临床分子亚型,它们与不同的临床特征和总体生存率相关。第4组和第6组的结局最佳和最差。研究确定了17个中心CpG位点,并使用它们的加权组合建立了预后模型(风险评分)。风险评分与手术后的结局显著相关;在训练和验证队列中,风险评分高的患者总生存率低(P<0.01)。
这项研究建立了一种新型的甲基化标记,可以可靠地预测NSCLC患者的预后。
原始出处:
Yifan Wang. Identification of prognostic signature of non–small cell lung cancer based on TCGA methylation data. Sci Rep. 22 May 2020.
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