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转录组测序

转录组测序服务介绍:

转录组测序可分为mRNA测序、lncRNA测序、circRNA测序、miRNA测序。

1mRNA测序:对特定组织或细胞在某个时期转录出来的所有mRNA进行测序,即可研究已知基因,也能发掘新基因。

2lncRNA测序:lncRNA是长度超过200nt的长链非编码RNA,通过与DNARNA或蛋白质结合,在表观遗传、转录及转录后等水平调控基因表达。lncRNA测序主要分析研究细胞或组织在某个特定时期转录出的所有lncRNAmRNA

3circRNA测序:circRNA是最近新发现的一类特殊的非编码RNA,其独特的环状结构使其能够逃逸RNAse酶的降解,具有很强的胞内稳定性,在研究疾病的发病机制与治疗等方面有重大的研究意义。

分析内容:

标准分析

·  数据质控:去除接头污染和低质量数据 

                数据统计:与参考基因比对率、测序深度和覆盖度

   差异检测:差异基因检测,注释和统计

高级信息分析

miRNA

lncRNA

circRNA

1、靶基因预测及网络图

2Novel miRNA预测

3miRNAmRNA关联性分析(需有mRNA数据)

1lncRNA靶基因分析

2cis/trans作用分析

3lncRNAmRNA共表达分析

 

1circRNA结合位点预测

2circRNAmRNA共表达分析

3circRNA来源基因富集分析

定制化分析:可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容

样品要求:

1、纯度:OD 260/280值在1.9-2.2之间,RNA 28S:18S1.5,推荐RIN7DNA应该去除干净。

2、浓度:最低浓度不低于100ng/µl

3、总量:每个样品总量不少于7µg

4、运输: RNA用冻存管保存,并用干冰或液氮运输。

测序方案:

mRNA/lncRNA/circRNA

平台及策略:HiSeq X Ten; PE150

数据量:6G,8G,10G

测序周期:30-40个工作日

miRNA

平台及策略:HiSeq X Ten; SE50

数据量:10M20M clean reads

测序周期:30-40个工作日

收费标准 >

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