宏基因组分析阐释了女性膀胱具有土著微生物群。然而，其中能够用于功能和实验分析的人工培养女性膀胱土著微生物且具有基因组测序数据的株系很少。
最近，有研究人员分离和对149个微生物株系进行了基因组测序，这些微生物来源与77名女性的导管尿液。他们的培养物横跨了78个种，代表了大约膀胱样本中三分之二的微生物多样性，包括了变形菌门、放线菌和壁厚菌门。对胃肠和阴道微生物的详细的基因组和膀胱微生物群功能分析阐释了阴道与膀胱微生物群相似，这些微生物的功能与那些胃肠道微生物群不同。来自同一个女性的阴道和膀胱微生物株系的全基因进化分析鉴定了高度相似的大肠杆菌，链球菌，乳酸菌和乳酸菌，表明了女性泌尿微生物群具有内在的联系，包括了致病菌和健康相关共生菌。
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