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TCGA数据库使用教程:官网、数据下载与数据挖掘分析

Tags: 数据挖掘   TCGA数据库      作者:网络 更新:2020-08-15

肿瘤基因组图谱 (TCGA) 计划由美国 National Cancer Institute(NCI) 和 National Human Genome Research Institute(NHGRI)于 2006 年联合启动的项目,其主要收录各种人类癌症(包括亚型在内的肿瘤)的临床数据,基因组变异,mRNA表达,miRNA表达,甲基化等数据,是癌症研究者很重要的数据来源,目前共计研究 36 种癌症类型。 TCGA 利用大规模测序为主的基因组分析技术,通过广泛的合作,理解癌症的分子机制。提高人们对癌症发病分子基础的科学认识及提高我们诊断、治疗和预防癌症的能力。 最终完成一套完整的与所有癌症基因组改变相关的「图谱」。 一、TCGA数据库说明与数据下载  首先,TCGA官网:https://cancergenome.nih.gov/abouttcga/overview 1. 数据等级: TCGA存储的数据可分为三个级别: Level 1: 原始的测序数据(fasta,fastq等) Level 2:比对好的bam文件 Level 3:为经过处理及标准化的数据 Level...

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