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学术服务 » 表观遗传学

表观遗传学服务介绍:

   表观遗传学服务可分为全基因组DNA甲基化测序和ChTP-seq

1、全基因组甲基化测序:将重亚硫酸盐处理方法和高通量测序平台相结合,进行全基因组内精确的甲基化研究,可以打到单碱基分辨率,精确分析每个胞嘧啶的甲基化状态,从而构建精细的全基因组DNA甲基化图谱。

    2、通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

 

分析内容:

全基因组甲基化

ChIP-Seq

1、  测序数据质量控制和预处理

2、  全基因组比对和mapping率统计

3、  CpG岛区域、启动子区域及整个基因组的覆盖及不同深度关系

4、  全基因组甲基化图谱

5、  GOKEGG等功能分析和作图

1、测序数据质量控制和预处理

2Peak查找及染色体分布

3Peak进行基因和GO功能注释

4motif分析

定制化分析:可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容

样品要求:

全基因组甲基化

1、纯度:OD 260/280值应在1.82.0 之间; RNA 应去除干净;

2、浓度:最低浓度不低于50ng/µl

3、总量:每个样品总量不少于15µg

4、溶剂:应溶解在H20TE (pH 8.0)中;

5、运输:DNA低温运输(-20℃);在运输过程中用parafilm将管口密封好,以防出现污染。

ChIP-Seq

1、纯度:OD 260/280值应在1.82.0 之间。

2、浓度:最低浓度不低于5ng/ul

3、总量:每个样品总量不少于30ng

4DNA片段大小:长度分布小于500bp,峰在300bp左右。

5、溶剂:溶解在H20low TEpH8.0)中。

6、运输:低温运输(-20℃);建议用LoBind管,parafilm将管口密封好,以免污染。

测序方案:

全基因组甲基化

平台及策略:HiSeq X Ten; PE150

测序深度:≥30X

测序周期:30-40个工作日

ChIP-Seq

平台及策略:HiSeq X Ten; SE50

数据量:10M,20M,30M clean reads

测序周期:30-40个工作日

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